В 1993 году при его непосредственном активном участии в Петербурге был создан детский журнал «Баламут». Являясь членом редколлегии, Мокиенко придуМмал и вел в нём раздел «Сказочная Правда».

Параллельно продолжал писать музыку для театра и телевидения. Как драматург написал несколько пьес для детей — самостоятельно и в соавторстве с Эдуардом Успенским, Андреем Усачёвым. В Петербургском театре «Комедианты» идет его пьеса для детей «Волшебные сосульки», с его же музыкой. В театре «Русская антреприза им. Андрея Миронова» идут спектакли «Чайка», «Сорок первый» и «Фантазии Фарятьева» с его музыкой и спектакль «Ах, какая это была удивительная игра!» в его постановке.

С 2003 по 2009 работал на петербургском телеканале «100ТВ» в качестве автора и художественного руководителя детских программ. Автор сценариев и ведущий популярной ежевечерней программы «Сказки дедушки Мокея», а также разовых программ «Кто в теремочке живет», «Школа бабы-Яги», «Маленькие открытия большого человека», «Прогулки с дедушкой Мокеем». В этих программах Мокиенко создал запоминающийся телеэкранный образ дедушки Мокея, ставший его постоянной маской и творческим псевдонимом. Снял несколько документальных фильмов, неоднократно организовывал на телеканале встречи детей с детскими писателями.

Является бессменным режиссёром и автором «Фестиваля Русской Сказки», который ежегодно проходит в Суздале. В 2009 году придумал и осуществил проект «Театральная неотложка».

Писатель Э. Н. Успенский назвал Михаила Мокиенко «лучшим Дедом Морозом страны».